香港的確診個案亦再次由境外輸入的個案主導。由1月23日出現首宗確診個案起計，香港一共出現3波的輸入個案 ，第1波主要由武漢輸入，第2波是乘坐包機回港的郵輪鑽石公主號乘客，第3波則是現時由世界各地回港的個案。港大微生物學系講座教授袁國勇日前估計，全球疫情難以完全圍堵，香港輸入個案將繼續出現。
截至3月13日，香港共有41宗確診輸入個案，當中7人是非香港居民，其餘34人均為香港居民；他們來港後合共再感染了6位密切接觸者。
以確診時間劃分，本港的輸入個案可以大概分為3個階段。第1波是1月23日至1月31日，9日間錄得11宗輸入個案，全部來自武漢，亦是香港整體的首批個案。他們當中7人都是乘搭高鐵來港，另外乘搭飛機及經羅湖到港的各有兩人；全部7位非本地居民個案均屬於這一波。隨著武漢封城，香港要到3月7日、即港府派出撤僑包機後才再有武漢輸入的個案。
第2波是2月23日至3月2日，9日間錄得10宗個案，包括9宗確診及1宗疑似個案，全部都是港府以包機由日本郵輪鑽石公主號接返港的港人。這10人雖然在獲准離開日本前都曾經接受病毒測試並錄得陰性，但回港後就先後在測試中呈陽性。他們當中有4人確診時並無病徵，部份人的病徵亦甚輕微，現時10人已全部出院。
第3波則是由3月4日開始，至今已經有16宗，是因疫情在全球各地爆發而將病毒帶回港的港人個案。他們的來源地分散，最大的群組是「全員感染」的9人埃及旅行團，其次是有5名港人感染的印度旅行團；另有3人在潛伏期內各自去過兩個國家，足跡遍佈歐、美、非洲。
另外，部份有外遊史的確診個案，因外遊地未有明顯的爆發點，或潛伏期亦曾在香港逗留，衛生防護中心會將個案較保守地列作「可能本地個案」，例如2月28日國泰CX250倫敦返港航班，機上一共有4人近日先後確診，但全部都未被列為輸入個案。
港大微生物學系講座教授袁國勇日前指出，病毒已經在全球擴散，一些發展中國家難以實行圍堵政策，預料武漢肺炎難以如沙士般完全消失，估計疫情會持續2至3年；香港的確診個案亦因此難以見頂，輸入個案將陸續有來。